Europarlamentarii beneficiază, pe lângă salariul de peste 6.000 de euro, de mai multe indemnizaţii (pentru cheltuieli generale, indemnizaţii de şedere, indemnizaţii anuale de călătorie), de rambursarea cheltuielilor de deplasare, precum şi de circa 20.000 de euro lunar pentru angajarea asistenţilor.
Salariul brut al unui europarlamentar este de aproximativ 7.900 de euro, achitat din bugetul PE. După reţinerea impozitului comunicat şi a contribuţiei pentru asigurarea de accident, salariul net ajunge la circa 6.200 de euro, potrivit informaţiilor publicate pe site-ul Parlamentului European. De asemenea, statele membre pot să perceapă din salariu un impozit naţional.
Salariul de bază este stabilit la 38,5% din salariul de bază al unui judecător al Curţii Europene de Justiţie. Există şi câteva excepţii: deputaţii care au avut un mandat în Parlamentul European înainte de alegerile din 2009, când a fost stabilit acest sistem unic de salarizare, au putut opta pentru menţinerea sistemului naţional anterior pentru salariu, indemnizaţia tranzitorie şi pensii.
Pe lângă salariu, membrii Parlamentului European primesc o serie de indemnizaţii cu scopul de a acoperi cheltuielile pe care aceştia le fac pentru îndeplinirea sarcinilor lor parlamentare. Astfel, indemnizaţia pentru cheltuieli generale vizează acoperirea cheltuielilor din statul membru în care au fost aleşi, precum costurile de administrare a birourilor deputaţilor, factura telefonică şi taxele poştale, achiziţionarea, utilizarea şi întreţinerea echipamentului informatic şi telematic. Indemnizaţia este redusă la jumătate în cazul deputaţilor care, fără o justificare adecvată, nu participă la jumătate din numărul şedinţelor plenare pe parcursul unui an parlamentar (septembrie-august). Valoarea indemnizaţiei este de aproximativ 4.300 de euro pe lună.
Eurodeputaţilor li se rambursează costul real al biletelor de călătorie pentru participarea la şedinţele plenare, reuniunile comisiilor, reuniunile grupurilor politice de la Bruxelles sau Strasbourg. Rambursarea sumelor se face după prezentarea chitanţelor, în limita costului unui bilet de avion la clasa business, a unui bilet de tren de clasa I sau a 0,50 de euro pe kilometru pentru călătoria cu maşina, la care se adaugă indemnizaţii fixe în funcţie de distanţă şi durata călătoriei, pentru a acoperi celelalte costuri ale deplasării (precum taxele de autostradă, taxele pentru excesul de bagaje sau pentru rezervări). Pe lângă acoperirea acestor cheltuieli de deplasare, europarlamentarii au o indemnizaţie anuală de călătorie, deoarece, deseori, ei călătoresc în afara statului membru de origine pentru îndeplinirea sarcinilor lor, dar în alte scopuri decât reuniunile oficiale (de exemplu, pentru a participa la o conferinţă în alt stat membru sau pentru a efectua o vizită de lucru în altă ţară, în calitate de raportor). Pentru a acoperi această eventualitate, deputaţii pot primi rambursări dintr-o indemnizaţie anuală de călătorie fixă pentru cheltuielile de călătorie, cazare şi alte cheltuieli aferente ale acestora. Rambursarea se face pe baza tarifului aerian sau a tarifului feroviar real, după prezentarea tichetelor de călătorie relevante şi a documentelor justificative necesare. Indemnizaţia este de maximum 4.243 de euro.
O altă indemnizaţie este cea zilnică, numită şi indemnizaţie de şedere. PE plăteşte o indemnizaţie forfetară de 304 euro pentru a acoperi cazarea şi costurile adiacente pentru fiecare zi în care eurodeputatul este prezent în zilele de activitate oficială, cu condiţia să semneze registrul de prezenţă. Această indemnizaţie acoperă facturile de hotel, mesele şi toate celelalte cheltuieli implicate. În zilele în care are loc votul în şedinţă plenară, această indemnizaţie este redusă la jumătate dacă europarlamentarii lipsesc la mai mult de jumătate dintre voturile prin apel nominal, chiar dacă sunt prezenţi. Din această diurnă ei trebuie să-şi asigure cazarea şi masa, dar nu sunt obligaţi să justifice modul de cheltuire. Sistemul PE este flexibil, permiţându-le eurodeputaţilor să opteze singuri pentru cazarea în apartamente închiriate sau la hotel şi pentru nivelul de confort pe care îl consideră necesar. Deşi suma care revine din diurnă poate ajunge la peste 4.000 de euro pe lună, o sumă mai mult decât suficientă la prima vedere pentru cazare şi masă chiar şi la preţurile din Bruxelles şi Strasbourg, sistemul de decontare este totuşi condiţionat strict la prezenţă. Banii pentru cazare şi masă nu sunt puşi la dispoziţia eurodeputaţilor în avans, ci decontaţi ulterior, după verificarea situaţiilor de prezenţă.
Majoritatea eurodeputaţilor optează pentru închirierea unui apartament în Bruxelles, unde PE are activitate 2-3 săptămâni pe lună, iar pentru cele 3-4 zile pe lună când activitatea se desfăşoară la Strasbourg se orientează spre hotelurile din zonă. Închirierea unui apartament cu două camere la Bruxelles variază, în funcţie de zonă şi confort, între 800 şi 1.200 de euro, în timp ce pentru o locuinţă centrală şi confortabilă, cu trei camere, preţurile încep de la 1.400-1.500 de euro. Hotelierii din Strasbourg încearcă să profite de pe urma cererii care fluctuează în funcţie de activitatea PE, o cameră pe noapte la 3-4 stele putând ajunge şi la 200-250 de euro.
Datorită faptului că diurna nu trebuie justificată, combinaţiile private la care pot recurge eurodeputaţii pentru a face economii la cazare sunt numeroase.
Un ales european harnic, cu prezenţă asiduuă la lucrări şi cu certitudinea că va fi inclus şi în viitor pe lista de candidaţi a partidului său, e liber să ia decizia de a plăti din diurnă inclusiv rata unui împrumut pentru achiziţia unui apartament în Bruxelles, care va rămâne în final în proprietatea sa, nu a PE. Mai ales în ţări ca Germania, Franţa şi Italia sunt eurodeputaţi cu mai multe mandate la activ, cu grad mare de specializare în problematicile PE.
Mulţi dintre eurodeputaţi preferă şi să evite tarifele ridicate ale hotelurilor din Strasbourg şi să se cazeze, în cele 3-4 zile când Parlamentul European se mută aici, în orăşele învecinate, cum ar fi Kehl (Germania), aflat la o distanţă de numai câţiva kilometri. Europarlamentarii descurcăreţi pot face astfel din diurnă economii care se adaugă salariului lunar brut de 7.600 euro.
În cazul reuniunilor care au loc în afara Uniunii Europene, indemnizaţia este de 152 de euro (cu condiţia semnării în registrul de prezenţă), iar facturile de hotel sunt rambursate separat.
Pe lângă salariu şi indemnizaţii, eurodeputaţii au asigurată de către PE şi plata salariilor asistenţilor. Astfel, aceştia îşi aleg personalul în limita unui buget stabilit de Parlamentul European. Asistenţii acreditaţi, care îşi desfăşoară activitatea la Bruxelles, Luxemburg sau Strasbourg sunt încadraţi în mod direct de administraţia Parlamentului, în conformitate cu condiţiile pentru angajarea personalului temporar din instituţiile UE. De asistenţii care îşi desfăşoară activitatea în statele membre din care provin eurodeputaţii se ocupă agenţi plătitori calificaţi, care garantează aplicarea măsurilor corespunzătoare în materie de impozite şi asigurări sociale. Suma maximă lunară pentru asistenţi este de circa 21.200 de euro. Până la un sfert din acest buget poate fi folosit pentru servicii oferite de prestatori de servicii aleşi de deputat, cum ar fi solicitarea unui studiu de specialitate privind un anumit subiect.
